آيت اللَّه سيد محمد طباطبايى، در كربلا (و به قولي در تبريز) به دنيا آمد و در دو سالگي به ايران آورده شد. پس از گذراندن تحصيلات ابتدايى، در محضر ميرزا ابوالحسن جلوه و شيخ هادي نجم آبادي، حكمت و اخلاق را فرا گرفت و سپس درعتبات به درس ميرزاي شيرازي راه يافت. آيت اللَّه طباطبايى پس از واقعه‏ي تحريم تنباكو به درخواست ميرزاي بزرگ شيرازي راهي تهران گرديد و مبارزات سياسي خود را در راستاي نهضت مشروطه وسعت بخشيد. آيت اللَّه سيدمحمدطباطبايى، عالم بزرگ مسلمان و از روحانيون آزادي خواه ايران و رهبران اصلي نهضت مشروطيت به شمار مي‏رفت. ايشان با همكاري آيت اللَّه سيد عبداللَّه بهبهاني يكي ديگر از رهبران روحاني نهضت مشروطه، در راه مبارزه با استبداد قاجاريه، كوشش و مجاهدت بسيار كرد. هنگامي كه عين الدوله، صدر اعظم مظفرالدين شاه قاجار، آزادي خواهان را به سختي تحت فشار قرار داد و علاءالدوله حاكم تهران، چند تن از بازرگانان را به چوب بست، اين دو روحاني والامقام، به همراه عده‏ي كثيري از مردم به حرم حضرت عبدالعظيم در ري پناهنده شده و در حرم آن حضرت تحصُّن كردند. اين تحصُّن زمينه‏ي انقلاب مشروطه را فراهم آورد. اما پس از به توپ بستن مجلس توسط محمدعلي شاه قاجار، آيت اللَّه سيد عبداللَّه بهبهاني تبعيد شد و آيت اللَّه طباطبايى در منزل خود، تحت نظر قرار گرفت. سيد محمدطباطبايى، درعين مجاهدت در راه خدا و آزادي مردم مسلمان ايران، دانشمندي آگاه و مطلع از اصول و مباني احكام اسلامي بود و براي گسترش علوم و معارف ديني، به تربيت شاگردان برجسته، اهتمام بسيار ورزيد. اين شخصيت برجسته‏ي ديني و سياسي، سرانجام پس از رنج فراواني كه در قيام مشروطه و پس از آن تحمل نمود، در حدود سال 1339 ق (1299 ش) در 81 سالگي درگذشت و در حرم حضرت عبدالعظيم در ري مدفون شد.